檜山広域行政組合消防本部は、昭和４９年４月１日檜山支庁管内１０町（江差町・上ノ国町・厚沢部町・乙部町・熊石町・大成町・奥尻町・瀬棚町・北檜山町・今金町）によって構成された檜山広域消防組合として発足しました。
その後、平成２年７月１日に檜山広域消防組合を母体として、檜山青年の家組合及び檜山地区広域圏振興協議会そして新たに広域市町村圏計画に基づく広域観光等の事業を統合し、複合事務組合として現在の檜山広域行政組合となっています。
現在は、平成１７年度の市町村合併による７町（江差町・上ノ国町・厚沢部町・乙部町・奥尻町・せたな町・今金町）の新構成となり、檜山振興局管内を全て網羅する組織となっています。
